白石岩扉(fēi)碧藓(xiǎn)滋，上清沦谪(zhé)得归迟。
白石岩扉：指圣女祠的门。岩扉即岩洞的门。碧藓滋：碧藓即青苔。上清：道教传说中神仙家的最高天界。沦谪得归迟：谓神仙被贬谪到人间，迟迟未归。此喻自己多年蹉跎于下僚。沦：一作“论”。

一春梦雨常飘瓦，尽日灵风不满旗。
梦雨：迷濛细雨。尽日：犹终日，整天。灵风：神灵之风。不满旗：谓灵风轻微，不能把旗全部吹展。

萼(è)绿华来无定所，杜兰香去未移时。
萼绿华：传说中女仙名。言是九嶷山中得道女子罗郁。晋穆帝时，夜降羊权家，赠权诗一篇，火浣手巾一方，金玉条脱各一枚。杜兰香：神话传说中的仙女。

玉郎会此通仙籍，忆向天阶问紫芝。
玉郎：道家所称天上掌管神仙名册的仙官。此引玉郎，或云自喻；或云喻柳仲郢，时柳奉调将为吏部侍郎，执掌官吏铨选。通仙籍：即取得登仙界的资格（古称登第入仕为通籍）。仙籍：仙人的名籍。忆：此言想往、期望。天阶：天宫的殿阶。问：求取。紫芝：一种真菌。古人以为瑞草。道教以为仙草。此喻指朝中之官职。

参考资料：

白石岩扉碧藓滋，上清沦谪得归迟。
圣女祠的白石门边长满碧绿的苔藓，从上清仙境谪落此地迟迟未得回还。

一春梦雨常飘瓦，尽日灵风不满旗。
春天里蒙蒙细雨常洒向大殿的青瓦，整日里神风微弱吹不动祠中的旗幡。

萼绿华来无定所，杜兰香去未移时。
萼绿华自由自在说来就来居无定所，杜兰香青童接驾说走就走立时归返。

玉郎会此通仙籍，忆向天阶问紫芝。
玉郎与圣女相会于此并给通报仙籍，圣女想一起登天阶服紫芝位列众仙。

参考资料：
1、彭定求 等全唐诗（下）上海：上海古籍出版社，1986：1360
2、陈永正李商隐诗选译成都：巴蜀书社，1991：115-117
3、张国举唐诗精华注译评长春：长春出版社，2010：706-707